Desinfitseerimine kas eemaldab mikroorganismid veest või tapab need. Kloor on kõige sagedamini kasutatav desinfitseerimisvahend joogivee töötlemiseks. Vastavalt reeglile „nii palju kui vaja ja nii vähe kui võimalik“ tuleb pidevalt jälgida kloorisisalduse kontsentratsiooni ja annustamist.